南京医科大学和南京大学医学院哪一个更好呢？
南京医科大学作为“双非”高校，在进入第二轮“双一流”评估时才成功入选，要和作为985、211、“双一流”的南京大学来比较，实力差距是非常悬殊的，但是，如果是和南京大学医学院来比较，两者谁强谁弱呢？在南京大学医学院的介绍中，医学院在1928年就在上海建立，但是在1951年完全划出，从此南京大学没有医学院，直至30多年后的1984年才再次筹建医学院，并于1987年重建南京大学医学院。而南京医科大学自1934年始建至今一直没有断层，这是南京医科大学相对南京大学医学院的优势所在。
南京医科大学建有江宁、五台、连云港等三大校区，设有19个二级学院、25个本科专业、11个一级学科硕士点、8个一级学科学位博士点、6个博士后科研流动站，拥有国家重点学科3个、1个国家重点（培育）学科、国家临床重点专科29个，国家级一流本科专业19个，其中公共卫生与预防医学为A+级学科，临床医学、基础医学、口腔医学、护理学为B+级，药学为B级学科，学校目前有两院院士7人（含双聘院士3人），在校生2万人（本科生1.17万人、硕士生0.7万人、博士生0.12万人）等。
南京大学医学院目前只开设有临床医学、口腔医学两个专业，均入选国家级一流本科专业建设点，实行本硕博贯通培养，拥有临床医学、基础医学等两个一级学科博士点及对应的2个博士后科研流动站，学校目前拥有中科院院士1人、中国工程院院士2人，学校的医学类学科没有参加或未能进入第四轮学科评估公布等级范畴，2022年两个本科专业全国招生规模为65人（临床医学（5+3一体化）、口腔医学等专业）。
从两所高校的比较来看，两者的办学规模非常悬殊了，南京医科大学属于学科门类齐全的综合性医学类高校，而南京大学医学院只开设有2个专业，属于小而精的办学模式，两者根本不存在太多的可比性。硬是要比较的话，那就只有拿双方均开设的2个专业来进行对比。
我们来看看两所高校在部分省市的录取分数线对比。2021年南京医科大学临床医学（5+3一体化）专业在江苏投档最低分为614分、口腔医学为599分；而南京大学医学院的临床医学（5+3一体化）专业在江苏的最低分为628分、口腔医学为627分等。
两个可以对比的专业来说，南京大学带有的985光环，而且属于华东五校、C9高校阵营，分数线对比南京医科大学来说，还是要高出不少，但南京医科大学对应的两个专业录取分也不低，实力也非常雄厚。如果仅从临床医学（5+3一体化）、口腔医学等两个专业之间来比较，肯定还是选择南京大学比较好，但自己也必须能够达到这个高度。如果从整个医学体系来比较，那么首选的肯定是南京医科大学了。